Pendant la fermeture, les équipes mènent un intense chantier invisible mais essentiel : préparer les collections pour le futur musée d’Art et d’Histoire. Les prêts d’œuvres à d'autres institutions comme le musée du Louvre se poursuivent, afin de faire voyager les œuvres des orientalistes Fromentin ou Guillaumet ou encore la collection d’arts asiatiques ainsi que des objets ethnographiques et du mobilier.